En el Parque se diferencian tres grandes tramos: el del río Ultzama, desde Sorauren a Villava (7 km), el del río Arga, desde Irotz hasta Barañáin (20 km) y el tramo del río Elorz, de Zizur Mayor a Barañáin (2,3 km.)
Río Arga
Nace en los Alduides, en la vertiente meridional del collado de Urkiaga y tiene una longitud de 145 km. De su patrimonio a su paso por la Comarca de Pamplona destacan la presa de Huarte, el Molino de San Andrés, el puente viejo de Burlada y el recientemente rehabilitado puente medieval de Arazuri.
Guía del patrimonio histórico del río Arga (David Alegría) PDF
El río Arga a su paso por el Puente Viejo de Burlada.
Río Ultzama
El río Ultzama nace en la vertiente meridional de los montes de Belate (Baztán) a más de 1.000 metros de altura. Es uno de los principales afluentes del río Arga, con el que confluye al sur de Villava, cerca del límite con Huarte, justo donde se alza el recientemente rehabilitado Molino de San Andrés.
De su patrimonio a su paso por la Comarca de Pamplona destacan sus puentes (los más antiguos, el de Sorauren y el de la Trinidad de Arre) y el Batán de Villava.
Guía del patrimonio histórico del río Ultzama (David Alegría) PDF
Río Elorz
Afluente del Arga, el río Elorz procede de la vertiente Oeste del Puerto de Loiti y tiene una longitud de 35 km. llegando hasta el término de Cizur Mayor y desembocando finalmente en el río Arga.